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學校設有基礎醫(yī)學院、藥學院、中醫(yī)學院、蒙醫(yī)藥學院、公共衛(wèi)生學院、口腔醫(yī)學院、衛(wèi)生管理學院(自治區(qū)衛(wèi)生政策研究所)、外國語學院、計算機信息學院、護理學院(衛(wèi)生技術學校)、思想政治理論教研部、實踐教學部、體育教學部、研究生學院、國際教育學院(對外合作與交流中心)、繼續(xù)教育學院等16個教學單位，有3所直屬附屬醫(yī)院、4所非直屬附屬醫(yī)院，8所臨床醫(yī)學院。在區(qū)內外設有實踐教學基地120個。其中，醫(yī)學類專業(yè)實踐教學基地50個、非醫(yī)學類專業(yè)實踐教學基地70個。
經(jīng)過60年的建設和發(fā)展，內蒙古醫(yī)科大學為國家培養(yǎng)各級各類人才7萬余名，為自治區(qū)經(jīng)濟發(fā)展、社會進步、科技創(chuàng)新、文化傳承、民族團結、邊疆穩(wěn)定做出了重要貢獻，已成為一所具有鮮明辦學特色的地方高等醫(yī)藥院校。2007年，學校順利通過國家教育部本科教學工作水平評估，被評為“優(yōu)秀”等次。
